托马斯（迪伦·欧布莱恩 Dylan O'Brien 饰）、米诺（李基弘 Ki Hong Lee 饰）一行人被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森（艾丹·吉伦 Aidan Gillen 饰）所管理，詹森为他们提供安稳且舒适的环境，并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试，詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对“闪焰症病毒”免疫的年轻人一同居住。察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控，然而等待他们的，却是比迷宫更加危险的焦土。               &nbsp

托马斯（迪伦·奥布莱恩饰）率领的林间斗士在经历了迷宫逃脱和末日丧尸的生死考验后，终于迎来最后的正邪较量。由托马斯、纽特（托马斯·桑斯特饰）等人领军的营救团队，耗时三年筹划营救被抓走的米诺，却意外地发现米诺不在劫获的那截火车上。经调查得知，米诺深陷在WCKD组织的控制之中，托马斯和纽特毅然决定起身前往被称为“最后之都”的人类最后净土，更不惜利用背叛林间斗士投身WCKD的特蕾莎（卡雅·斯考达里奥饰）闯入WCKD，营救米诺和其他人。

故事设定在“猿流感”病毒蔓延全球的背景下，人类几近毁灭，而进化为高级智慧生物的猿类一跃成为食物链顶端的王者。时移世异，暴虐的猿类首领赛撒（凯文·杜兰 Kevin Durand 饰）在一片废墟中建立起猿族历史上的第一个帝国——“猩球”崛起，这是世界新秩序诞生的黎明时分。神秘的人类女孩诺娃（弗蕾娅·艾伦 Freya Allan 饰）的出现，引起了赛撒的警觉。她似乎掌握着一个巨大的秘密，不仅关乎人类的存亡，甚至可能再度颠覆整个“猩球”。被迫逃亡的诺娃在躲避赛撒军队的过程中，与青年猿类诺亚（欧文·泰格 Owen Teague 饰）的命运交汇，揭开了一段冒险的旅程。