漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会

现代日本。立志成为音乐人的高中生“阳”（You），因父母的反对以及与乐队伙伴之间的人际关系而烦恼，对自己的未来犹豫不决。某日，当阳走在涩谷的十字路口时，脑海中突然响起“救救我！”的呼喊，随即被白光包围——与此同时，在漂浮于宇宙中的“巡星”之上。“武·雷德（Vu-Reid）惺王国”与“轰·阿·斯雷加（A-Slegga）国”因争夺能源“星血”而长期交战，正当双方即将举行停战调停仪式之际，巨大的轨道碎片突然坠落，隶属于“普尔加德（Pulguard）队”的维戈（Vigo）正拼命进行应对。