故事背景设定在全球最猛闹鬼邮轮「玛丽皇后号」，如今以闹鬼而闻名的它，在1930年代晚期是足以媲美泰坦尼克号的豪华邮轮。本片故事描述1938年万圣节夜晚，一个家庭搭乘玛丽皇后号展开远洋旅程途中所经历的恐怖事件，而他们的遭遇意外影响了另一个在现代登上玛丽皇后号的家庭。

“超”音速的索尼克（本·施瓦茨 Ben Schwartz 配音）与“超”呆萌的塔尔斯（科琳·欧肖内希 Colleen O'Shaughnessey 配音）和“超”强壮的纳克鲁斯（伊德里斯·艾尔巴 Idris Elba 配音），三人小队再次踏上欢乐冒险！这一次他们将面对前所未有的劲敌——夏特（基努·里维斯 Keanu Reeves 配音），然而索尼克小队与强大的夏特实力相差悬殊，为了解决这个棘手的神秘敌人，索尼克找到了老对手蛋头博士（金·凯瑞 Jim Carrey 饰）联手阻止夏特，关于夏特的秘密也逐渐浮出水面，这场危机背后还有更狡猾的黑手。索尼克小队能否团结一致击败夏特并拯救世界？

该剧时间设定在《刺猬索尼克2》与《刺猬索尼克3》之间，纳克鲁斯（伊德里斯·艾尔巴 Idris Elba 配音）同意收韦德·威波（亚当·佩里 Adam Pally 配音）为徒、并将他训练成真正的针鼹战士。