在上一集中，爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）救出了被冷冻的同伴们，众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后（Megan Charpentier 饰）的程序发生了错误，变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻，失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克（肖恩·罗伯茨 Shawn Roberts 饰）通过病毒侵入了保护伞公司的系统，他放走了爱丽丝并告诉她，她是人类最后的希望，而为了拯救人类，他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达王（李冰冰 饰），两人一路上

一次偶然中，蓝妹妹（黛米·洛瓦托 Demi Lovato 配音）发现了一张遗落的地图，指引向一座神秘的村庄。为了求证村庄存在的真实性，蓝妹妹和好友聪聪（丹尼·普迪 Danny Pudi 配音）、健健（乔·曼根尼罗 Joe Manganiello 配音）、笨笨（杰克·麦克布瑞尔 Jack McBrayer 配音）一起踏上了旅途。　　一路上，初出茅庐的四人组遭遇了无数的危险，但总能凭借他们的智慧和运气化险为夷，四人的友情亦遭到了重重考验。邪恶的格格巫（雷恩·威尔森 Rainn Wilson 配音）也知晓了村庄的存在，为了第一个到达村庄，格格巫开始千方百计的阻挠起蓝妹妹一行的前途。

2011年夏天，无数枚陨石坠落地球，竟导致12个国家的沿海城市系数毁灭。原来陨石实则有一群神秘的外星人操纵。外星人凭借陨石着陆地球，展开残酷无情的屠杀和破坏。作为世界上的头号超级大国，美国自然也无法避免这场灾难，随着入侵者的则多，美国只有西太平洋的洛杉矶暂未沦陷。海军陆战队中士麦克·纳兹（艾伦·艾克哈特 Aaron Eckhart 饰）受命编入威廉姆·马丁内斯中尉（拉蒙·罗德里格兹 Ramon Rodriguez 饰）的小分队，准备与外星人展开殊死搏杀。

　艾德金（克里斯·派恩 Chris Pine 饰）是一名吟游诗人，在一次盗宝行动中，他的贪婪导致了妻子的死亡。之后，野蛮人霍尔盖（米歇尔·罗德里格兹 Michelle Rodriguez 饰）出现在了颓废的艾德金身边，和他共同抚养女儿琪拉（克洛伊·科尔曼 Chloe Coleman 饰）。琪拉长大之后，艾德金、霍尔盖带着琪拉和她的舅舅福奇（休·格兰特 Hugh Grant 饰）等人组成了一支盗宝团队，哪知道在一次行动之中失手了，最终，艾德金和霍尔盖锒铛入狱。一晃眼多年过去，艾德金和霍尔盖联手越狱，并且决定夺回他们当年未得手的宝物，为了达成目的，他们还吸纳了菜鸟术士西蒙（贾斯蒂斯·史密斯 Jus