成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似

陨石坠落后的第十年，由于巨大结晶释放出的神秘粒子“梅比乌斯之尘”的影响，一部分孩子获得了名为“拉姆斯”的特殊能力。这些特殊能力者由于生存范围受到限制，被禁止离开“新胜鹿镇”。为了排解无法离开的烦闷，高中生荒木与妹妹斯特拉、青梅竹马奥尔加等人组成“警跃者”队伍，运用异能全身心投入到争夺领地的游戏中。然而，直到有一天，“拉姆斯”的研究者汤田博士请求他们协助一项实验，荒木等人决定参与其中，他们的命运由此开始转动。

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