日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。　　但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面…

在远离大都会的乡下，有一个名叫“企鹅村”的小村庄，这里住着一个名叫则卷千兵卫的天才博士。他发明了各种各样奇怪的道具，而女孩子机器人阿拉蕾正是他的诸多作品之一。阿拉蕾力大无比，聪明非常，不过却只有幼儿园小朋友的心智，所以她爱笑爱闹，更喜欢用树枝戳大便。不久，博士和阿拉蕾乘时光机从远古带回来一只恐龙蛋，从中孵化出外形如婴儿确实超级大胃王的阿卡。阿卡和阿拉蕾成天搅得博士手忙脚乱。当然，企鹅村远不止则卷家的这几个活宝，吃草莓的超人、屁股和鼻子都长在头顶的尼可家大王、牛奶糖4号等，这群怪人让企鹅村每一天的生活都充满了乐趣……