突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。

十年前，风暴的父亲在战斗中被入侵地球的狂岚博士抓走，风暴的家乡蓝虎村也一同消失。如今，风暴已经成为了宇宙护卫队的队长，并偶然得知父亲风雷和狂岚博士可能被困在异时空--某颗位于平行宇宙的星球。于是风暴和伙伴们通过制造时空缝隙来到异时空，并找到了消失的蓝虎族。原来狂岚博士十年前造成的能量波动意外把自己和蓝虎村传送到 了异时空。狂龙博士囚禁了很多蓝虎村民用于做实验，其中包括风暴的父亲风雷。风暴救出了已被折磨到失忆的父亲，没想到在打开时空裂缝返回地球时，狂岚博士也得以一同返回地球，并率领自己的火恐龙兽军团再次试图占领地球。危难之时，风暴唤醒了失忆的风雷，父子合力带领护卫队其他成员战胜了狂岚博士和火恐龙